Специализирана научна библиотека и Научен архив

Библиотеката заема възлово място в структурата на музея и в научната дейност на неговите сътрудници. База за цялостна научно-изследователска, събирателска и популяризаторска дейност на уредниците. Съхранява и комплектува издания в областта на археологията, историята, етнологията, нумизматиката, изследвания за Кюстендил и региона. Библиотеката разполага с повече от 15 000 тома специализирана литература и е горд притежател на личната библиотека на член-кореспондента Йордан Захариев, която наброява 1330 библиотечни единици. Изключително богат е и делът на периодичните издания и справочната литература. Фонд „Периодика” притежава вестници, списания, известия и годишници на институти и музеи от страната и чужбина. Научният архив разполага с ценни ръкописи, документи, снимки и трудове, създадени в резултат на научно-изследователска, фондова, експозиционна, културно-просветна и музейна работа. Към настоящия момент фондът на архива наброява 600 архивни единици със сведения за исторически събития и документация на обекти (недвижими паметници на културата), свързани с Кюстендил и кюстендилския край, притежава лични архивни фондове на краеведски изследователи.